APNは、7部門により成り立っており、加盟国の政府代表者及び研究者等の計約60名が主体となって活動しています。
政府間会合
政府間会合（Intergovernmental Meeting: IGM）は、加盟国政府の代表者により構成されるAPNの意思決定機関です。APNの事業及び財務に関する方策を設定し、また、規程及び手続きを承認します。また、APNの長期計画の立案及び財源の確保を担います。
運営委員会
運営委員会（Steering Committee: SC）は、加盟国政府の代表者、研究者及び特別招聘者により構成される小委員会です。会期間の政府間会合に代わり、年間事業計画の立案及び実施を監督し、各年度の財務報告書及び予算を協議のうえ承認します。また、科学企画グループ小委員会、及び、能力開発員会より提案された支援候補プロジェクトを助成するか否かを決定します。更に、APNの運営に関し、事務局に助言します。
科学企画グループ
科学企画グループ（Scientific Planning Group: SPG）は、加盟国の政府代表者に任命された研究者で構成されるグループです。APNの科学プログラムに関する提言を行い、また、地域共同研究に関する公募プロポーザルの最終選考を行い、運営委員会に支援候補プロジェクトを提案します。更に、APNを代表し、他の研究機関と対話・意見交換を行います。
科学企画グループ小委員会
科学企画グループ小委員会（SPG Sub-Committee: SPG-SC）は、科学企画グループから選ばれた研究者で構成される委員会です。地域共同研究に関する公募プロポーザルの事前選考を行います。
能力開発委員会
能力開発委員会（Capacity Development Committee: CDC）は、各サブ地域委員会に任命された研究者、加盟国政府の代表者及び研究者で構成される委員会です。能力開発に関する公募プロポーザルの選考を行い、運営員会に支援候補プロジェクトを提案します。また、APNの能力開発プログラムの推進に係る計画を立案します。
サブ地域委員会
サブ地域委員会（Subregional Committee: SRC）は、加盟国政府の代表者及び研究者で構成される委員会です。南アジア、東南アジア、東アジア、太平洋のサブ地域に分かれ、域内に共通する課題を確認し、また、APNの事業が効率的に実施されることを確保します。
事務局（APNセンター）
事務局は、各会合/委員会を補助し、業務計画の作成、予算の管理、事業の企画・運営・管理等を行います。
各部門の構成メンバーは、英文ホームページをご覧下さい。